La sala capitular, que se comenzó a construir a partir de 1293, fue el primero de los edificios góticos del templo. Le siguió bien de cerca la obra del claustro, así como la de la catedral a finales del siglo XIV.
La sala, con planta perfectamente cuadrada, se halla adosada a la galería oeste del claustro, y mientras que la mayor parte de los vanos que rasgan el muro oriental quedaron cegados por la pared del recinto vecino, la mayor parte de los del muro occidental fueron abiertos a partir del siglo XVII. La portada principal de la sala capitular, obra del siglo XV, da al ala occidental del claustro, sustituyendo al acceso original.
Una bóveda sobre trompas en la que los nervios confluyen en una clave única central cubre el edificio. El enlosado actual cubre los enterramientos de los que está poblado el recinto, siendo únicamente visibles los situados en el muro norte de tipo arcosolio y realizados a mediados del siglo XIV.
Pese a que a priori nada tienen que ver con él, el recinto alberga dos importantes obras, la sillería del coro y el retablo de las Lamentaciones, o al menos lo que se ha logrado rescatar y restaurar.
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El Retablo de las Lamentaciones
La escena es de clara tradición flamenca y fue realizada en torno a 1480. La imagen de la Virgen en cuyas rodillas reposa el cuerpo de Cristo centra la composición, de ahí su nombre, aunque también es conocido como “El llanto sobre Cristo muerto”. Acompañan a la Virgen los donantes de la obra, Juan de Candamo y su esposa Catalina González de Nava, a través de sus santos patronos, San Juan Bautista y Santa Catalina de Alejandría, así como un gran número de personajes evangélicos. La Cruz vacía escoltada por cuatro ángeles y los dos ladrones sirven de fondo a la escena.
La Sillería del Coro
Hoy sólo se conserva una pequeña parte de la obra original que constaba de un total de 69 sillas, 44 del coro alto y el resto del bajo, y que originalmente estaba situada en la nave mayor.
Cinco sillas del coro alto son las que se pueden contemplar, todas realizadas en nogal y luciendo tornavoces de labor calada y respaldos con trabajos de marquetería en boj, destacando el escudo de su promotor, Arias de Villar, así como la Cruz de Los Ángeles. Por el contra, los respaldos del coro bajo están poblados de apóstoles, santos y profetas, entremezclándose temas profanos y sacros, que abarcan actividades como la caza y leyendas como la de la cortesana Phylis y el filósofo Aristóteles, sin olvidarse de los animales fantásticos y los reales. A destacar las tallas vegetales propias del barroquismo más espectacular, así como la condición flamenca de su inspiración y estética, en la que resulta evidente que no todas las piezas salieron de las mismas manos.
La Reja del Coro
Una bella reja gótica rodeaba buena parte del espacio de la nave mayor en el que se encontraba el coro. La reforma llevada a cabo por el obispo Martínez Vigil hizo que, al igual que en el caso de las sillerías, ésta se cambia también de sitio, situándose lo que queda de ella en una habitación contigua a la sala capitular y antesala del archivo.
De la original reja del coro que el obispo don Juan Daza (1498-1502) mandó realizar, se conservan cuatro tramos separados entre sí por barrotes con decoración vegetal. Pináculos y arcos conopiales ornamentados con hojas, tallos y motivos heráldicos como el del prelado obispo se sitúa en la parte superior.